Noch im gleichen Jahre beauftragte man erst den aus Eichstätt stammende Architekten Maurizio Pedetti und dann den Schwarzenberger Architekten Joseph Scholl mit der Ausarbeitung billigerer Baupläne. Da diese jedoch keine Zustimmung fanden, ging der Bauauftrag 1790 an Wilhelm Ferdinand Lipper aus Münster. Dieser ließ die Bauabschnitte seiner Vorgänger teilweise wieder abreißen und lehnte sich erneut an die Vorstellungen Verschaffelts an. Als Lipper im Jahre 1800 verstarb, übernahm der Mergentheimer Hofkammerrat den Bau und führte ihn weiter.
Schließlich konnte 1802 Richtfest gefeiert und 1803 die Kuppel mit dem goldenen Ordenskreuz bekrönt werden. Doch kam man nicht mehr viel weiter, da die Kommende 1806 säkularisiert wurde. Nachdem das Erzbistum Bamberg den Kirchenbau am 27. Januar 1885 erworben hatte, begann man ab 1899 mit der Fertigstellung nach den ursprünglichen Plänen. 1903 war der Kirchenbau vollendet, 118 Jahre nach der Grundsteinlegung.
Der klassizistische Kirchenbau gliedert sich in drei Räume. Hierbei handelt es sich um ein Quadrat, das in der Mitte auseinandergezogen und durch einen Rundbau durchbrochen ist. Eingangsbereich und Chor werden von einem Tonnengewölbe überspannt. Der Rundbau, 17 Meter im Durchmesser, trägt eine 50 Meter hohe Kuppel. Innerhalb des Kirchenraumes befinden sich 40 Säulen. Ihre Anordnung führt dazu, dass jeder der drei Kirchenbereiche wie ein eigenständiger Raum wirkt. Die Anzahl der Säulen und ihre rote Färbung erinnern an den Heiligen Geist. Und tatsächlich gab es im 18. Jahrhundert auch die Planung eines Altarbildes mit einem Heiliggeistmotiv.