Ab 1627 finden wieder Gottesdienste statt – und zwar sonntags Kinder- und Jugendgottesdienste, in denen der Nachwuchs in den Fragen des Glaubens unterrichtet wird. Mittwochs finden sogenannte „Almosen-Gottesdienste“ statt, in denen die Bedürftigen gegen das Aufsagen von Katechismusfragen das städtische Almosen ausgehändigt bekommen.
Im Jahr 1800 wird die Kirche der evangelisch-reformierten Gemeinde Nürnberg übergeben, die die Kirche zunächst unverändert lassen muss. Erst 1829 wird die Kirche im Sinne der Reformierten umgebaut: Die Altäre und Bilder werden entfernt (der Hochaltar steht heute in St. Lorenz).
1945 wird die Kirche durch Fliegerbomben beschädigt. Die wertvollen Fenster werden rechtzeitig ausgelagert. Schon 1946 ist die Kirche wieder hergestellt. 2000 wird der Chorraum umgestaltet und ein neuer beweglicher Abendmahlstisch aufgestellt. Seit Mitte der 80er Jahre sind die Glasfenster restauriert.
2014 zerstört ein Brand die Kirche fast vollständig. Bereits im November 2018 konnte die Kirche in neuer, aufsehenerregender Innengestaltung eingeweiht werden. Vor wenigen Wochen erklang erstmals die neue Orgel in St. Martha.