Das Jahr über sind viele Schülerinnen und Schüler der angrenzenden Gymnasien für ihre Gottesdienste und Schülerkonzerte zu Gast, aber auch kirchliche und soziale Einrichtungen – etwa die evangelische Blindenseelsorge und Gebärdengemeinde. Bis heute prägen die Egidienkirche und zahlreiche Schulen den Egidienberg, an dem einst das alte Kloster stand. Hier entstand das erste deutsche von Philipp Melanchthon gegründete Gymnasium, das Aegidianum, dessen Rektor später Georg Wilhelm Friedrich Hegel (1808–1816) war und das im heutigen Melanchthon-Gymnasium fortbesteht.
Im Zweiten Weltkrieg brannten beim großen Fliegerangriff am 2. Januar 1945 Hauptschiff, Vierung, Querhäuser und der Chor völlig aus, die Mansarddächer stürzten ein und die Außenmauern wurden beschädigt. Der Wiederaufbau wurde 1958 abgeschlossen.
In St. Egidien wird heutzutage der (modernen) Kunst besonders viel Raum gegeben. In wechselnden Ausstellungen werden Themen des Glaubens und des Zeitgeschehens aufgegriffen – Einladungen, innezuhalten, nachzudenken und Perspektiven zu wechseln.